Die Ev.-ref. Gesamtkirchgemeinde Bern entstand 1875 aus den drei reformierten Kirchgemeinden der Stadt Bern: Der oberen Kirchgemeinde (Heiliggeist), der mittleren Kirchgemeinde (Münster) und der unteren Kirchgemeinde (Nydegg).

Heute besteht die Gesamtkirchgemeinde aus den zwölf Kirchgemeinden Heiliggeist, Münster, Nydegg, Johannes, Paulus, der Französischen Kirchgemeinde, Frieden, Petrus, Markus, Bümpliz, Matthäus Bern und Bremgarten sowie Bethlehem (Aufzählung in historischer Reihenfolge, also nach Gründungsjahr). Sie erstreckt sich über das ganze Gebiet der Einwohnergemeinde Bern und jenes der Einwohnergemeinde Bremgarten. Die Französische Kirchgemeinde umfasst französischsprachige Konfessionsangehörige aus dem Gebiet der Gesamtkirchgemeinde und solche aus weiteren 21 Kirchgemeinden rund um Bern.

Ende 2009 zählte die Gesamtkirchgemeinde 61'587 Kirchenmitglieder.